主要原因有下列几方面：
1、疾病本身没有特效药物或难以根治，如爱滋病。
2、治疗用药不正规，或疗程过短，治疗不彻底。很多病人在疾病的初期就没有得到正规有效的治疗，他们不是去医院就诊，而是自行去药房购药治疗或去街头游医处或不正规医院治疗，以至延误病情，使疾病变为慢性或不可控制性；
3、有STD感染的性伴侣没有得到有效的检查或治疗，导致再次感染性病。因此，对于STD患者的性伴侣即使没有症状，也应该进行检查或治疗。如果高度怀疑其已感染可治疗STD，即使没有症状或在实验室报告出来前，也应该先用药物治疗。在患病期间应该禁止性活动。
4、实验室报告不及时或不正确。正确及时的实验室检查报告，是临床医师作出正确诊断和治疗的重要依据，如过报告不及时或不准确，都会影响治疗方案的制定或预后的判断，尤其是多种STD合并感染时；
5、微生物出现耐药性，所用抗生素无效。有些STD感染的病原微生物会发生变异，出现耐药菌株，因此，有条件的地方，都应该进行病原微生物的培养和药敏试验，以找出敏感抗生素。
6、当STD患者具有多种微生物感染时，没有联合应用针对多种特定病原微生物的药物，如只针对淋球菌用药，而没有使用杀支原体、衣原体的药物，而导致病原体不能完全消灭。这种情况易发生在实验室报告出来以前的治疗，或根本不进行实验室检查时。
7、机体抵抗力较差，单用抗生素难以彻底杀灭病原微生物，或目前尚无有效杀灭的药物，只能暂时抑制，待机体体抗力弱时又出来活动，如生殖器疱疹等。或STD病灶一下子难以完全去除，残留病灶易复发，如尖锐湿疣等。或反复大量使用广谱抗生素导致体内菌群失调，在原STD感染部位出现条件致病菌的感染，加重临床症状。
8、局部感染组织内抗生素难以达到有效杀菌浓度。当某些部位反复STD感染或慢性感染形成疤痕、组织增生等情况，以至所用药物很难在该部位达到有效杀菌浓度，影响疗效。
9、STD发生部位如女性生殖器中存在有利于微生物生长的条件，如放置节育环等，使得治疗难以彻底，引起复发。
10、心理疾病。某些患者STD虽然已经治好，但由于对性病的恐惧感，以至于总认为没有好，有点不舒服就认为是性病发作，经常跑医院，甚至要求医生经常给他（她）应用某些药物。象这类病人除作好临床解释工作外，可寻求心理医生的帮助。
